Diplômé d’HEC, François-Henri Pinault a rejoint le groupe Pinault en 1987 où il a exercé différentes responsabilités dans les principales filiales du Groupe. Après avoir commencé comme vendeur à l’agence d’Évreux de Pinault Distribution, filiale spécialisée dans l’importation et la distribution de bois, il crée, en 1988, la centrale d’achat de cette société dont il assure la responsabilité jusqu’en septembre 1989.
 
Nommé ensuite Directeur général de France Bois Industries, la société regroupant les activités industrielles du groupe Pinault, il dirige les 14 usines de cette filiale jusqu’en décembre 1990, date à laquelle il prend la présidence de Pinault Distribution. En 1993, il élargit ses responsabilités en étant nommé Président de la Cfao et membre du Directoire de Pinault Printemps Redoute. Quatre ans plus tard, il est nommé Président-Directeur général de la Fnac, poste qu’il occupe jusqu’en février 2000, puis il est nommé Directeur général adjoint de Pinault Printemps Redoute en charge du développement des activités Internet du Groupe. Il siège par ailleurs au Conseil d’administration de Bouygues SA depuis décembre 1998. En 2000, il devient cogérant de la Financière Pinault. En 2003, il est nommé Président du groupe Artémis. En 2005, il est nommé Président du Directoire puis Président-Directeur général de PPR.
 
Après avoir été Président du Directoire de PPR (du 21 mars 2005 au 19 mai 2005), Vice-Président du Conseil de surveillance (du 22 mai 2003 au 21 mars 2005), Membre du Conseil de surveillance (à compter du 17 janvier 2001), François-Henri Pinault est Président-Directeur général de PPR depuis le 19 mai 2005.
 
François-Henri Pinault est également Président du Conseil de surveillance de Puma AG.