Diplômé l'Ecole des Hautes Etudes Commerciales (HEC), François-Henri Pinault a rejoint le groupe Pinault en 1987 où il a exercé différentes responsabilités dans les principales filiales du groupe. Après avoir commencé comme vendeur à l’agence d’Evreux de Pinault Distribution, filiale spécialisée dans l’importation et la distribution de bois, il crée en 1988 la centrale d’achat de cette société dont il assure la responsabilité jusqu’en septembre 1989.
Nommé ensuite Directeur général de France Bois Industries, la société regroupant les activités industrielles du groupe Pinault, il dirige les 14 usines de cette filiale jusqu’en décembre 1990, date à laquelle il retourne chez Pinault Distribution pour en prendre la présidence.
En 1993, il élargit ses responsabilités en étant nommé Président de la CFAO et membre du Directoire de Pinault-Printemps-Redoute. Quatre ans plus tard, il est nommé Président-directeur général de la Fnac, poste qu’il occupe jusqu’en février 2000, puis, il est promu Directeur général adjoint de Pinault-Printemps-Redoute en charge du développement des activités Internet du groupe.
En 2001, il devient cogérant de la Financière Pinault. En 2003, il est nommé Président du Groupe Artémis.
En 2005, il est nommé successivement Président du Directoire puis Président-directeur général de PPR. Il siège par ailleurs au Conseil d’administration de Bouygues S.A. depuis décembre 1998.