Diplômé d’HEC en 1976, Baudouin Prot rejoint l’Inspection Générale des Finances où il passe quatre ans avant d’être nommé adjoint au Directeur général de l’énergie et des matières premières au ministère de l’Industrie pendant trois ans.
Il entre à la BNP en 1983 comme Directeur adjoint à la Banque Nationale de Paris Intercontinentale, avant de prendre la direction Europe en 1985.
Il rejoint la Direction Centrale des Réseaux en 1987 et est promu Directeur central en 1990 puis Directeur général adjoint de la BNP en charge des réseaux en 1992.
Il devient Directeur général de la BNP en 1996 et Directeur général délégué de BNP Paribas en 1999.
En mai 2000, il est nommé Administrateur Directeur général délégué de BNP Paribas puis Administrateur Directeur général de BNP Paribas en mai 2003.
Il est chevalier de l’Ordre National du Mérite et chevalier de la Légion d’honneur.